? 22 Julie
? 12:00 – 13:00 UTC
Speaker: Matthew Bashton
Aanwysing: Visekanseliers Senior Fellow
Affiliasie: Die spilpunt vir biotegnologie in die bou-omgewing, Departement Toegepaste Wetenskappe, Fakulteit Gesondheid en Lewenswetenskappe, Northumbria Universiteit, Newcastle upon Tyne, VK
Dr Matthew Bashton is die hoof bioinformatikus van die COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) span by die Northumbria Universiteit. Sy praatjie sal die sagteware-opstelling en -omgewing beskryf wat by Northumbria gebruik word vir die lewering van hul COVID-19-genomika-oplossing, variant en afstammingsklassifikasie, insluitend pyplyne wat ontwikkel is sowel as ander gereedskap wat binne COG-UK gebruik word. Die span by Northumbria het meer as 16,000 19 COVID-XNUMX-genome suksesvol opgevolg wat bydra tot genomiese toesig nasionaal en deelneem aan plaaslike uitbrekingsondersoeke waar genomika gehelp het om die verspreiding van die virus onder mense op te spoor en infeksiebeheerpogings in te lig. Matthew sal praat oor die uitdaging om 'n produksiesagteware-omgewing te bou en in stand te hou, soos jy dit gebruik, in 'n vinnig ontwikkelende en voortdurend ontwikkelende landskap.
Dr Matthew Bashton is 'n rekenaarbioloog, met uitgebreide bio-, chemo- en kliniese informatika-ervaring, met spesifieke kundigheid op die gebied van proteïendomeine, proteïenstruktuur en -funksie, ligandproteïeninteraksies, hoë-deursetvolgorde-analise, genoomanalise en biomerker ontdekking.
Matthew het 'n voorgraadse graad in Biochemie aan die Universiteit van Newcastle gedoen; sy PhD was op die gebied van strukturele genomika by die MNR Laboratorium vir Molekulêre Biologie in Cambridge in die groep van Dr Cyrus Cothia FRS. Sy PhD het gefokus op hoe verskillende families van proteïendomein meetkundig en grammatikaal bymekaar kom om funksies op 'n hele proteïenvlak te realiseer.
Matthew het as 'n navorsingsbeampte gewerk Fellow in die Groep van Professor Dame Janet Thornton FRS by die Europese Bioinformatika-instituut (EBI); hier was hy deel van die Amerikaanse DOE-befondsde Midwest Centre for Structural Genomics (MCSG) Consortium. Terwyl hy by die EBI was, het Matthew die PROCOGNATE-databasis ontwikkel wat proteïendomeinfamilies verbind met die reeks verwante ligande wat hulle bind. Hy het ook gewerk aan die Small Molecular Subgraph Detector (SMSD) wat vinnige en akkurate 2D-grafiekgebaseerde chemiese soortgelykheid en fragmentpassing moontlik maak. Na sy tyd by die EBI het Matthew in die Bioinformatika-ondersteuningseenheid by die Universiteit van Newcastle gaan werk, waar hy 'n wye ervaring opgedoen het met hoë-deurset-volgordebepaling (HTS) data op 'n reeks omiese projekte met baie verskillende PI's in die mediese skool. Hy het toe oorgegaan na kankergenomika-navorsing by die Northern Institute for Cancer Research (NICR) in Newcastle, waar hy 'n verskeidenheid HPC-analisepipelines vir somatiese genoom- en eksoomanalise ontwikkel het, tesame met biomerker-gebaseerde risiko- en subgroepklassifikasieprojekte oor pediatriese breingewasse en leukemie.
Matthew werk nou binne die multidissiplinêre Hub vir Biotegnologie in die Bou-omgewing (HBBE), en werk saam met 'n reeks ontwerpers, argitekte, ingenieurs en sintetiese en molekulêre bioloë om geboukonstruksie, volhoubaarheid en omgewingsgesondheid van die geboude omgewing met behulp van biologie te verbeter.
In 2020-2021 het Matthew 'n lid geword van die UK se COVID-19 genomika-poging wat saam met 'n span by die Northumbria Universiteit gewerk het om 16,000 COVID-19-genome van 7 verskillende hospitaaltrusts regoor die Noordooste en Cumbria opeenvolgend te maak.
